Чтобы реклама не раздражала посетителей, она должна органично вписываться в контент сайта по своему содержанию. То есть должна быть релевантна контенту. Для того, чтобы это было так, страницы сайта нужно создавать под такие запросы, по которым рекламодатели создают рекламные объявления. Кроме этого, если реклама соответствует контенту страницы, CTR будет выше при всех прочих равных условиях.
Теперь что касается оформления. Нужно, чтобы реклама бросалась в глаза. Раньше (n-ое количество лет тому назад) это достигалось всевозможными рамками и цветовыми решениями на контрасте с контентом (аля MFA-сайты). Для того, чтобы рекламные блоки по дизайну органично вписывались в контент и вместе с тем привлекали к себе внимание, нужно использовать цветовые решения дизайна страницы и окружать блок свободным пространством. Именно свободное пространство (фон) создает вокруг блока контрастность, которая привлекает внимание. Если, допустим, по ширине в контенте можно расположить два блока, то расположив один блок, вы привлечете сильнее внимание. Над и под блоком тоже нужно оставлять пустые пространства, ну скажем, пикселей по 35.
По расположению, максимальный CTR (в среднем по больнице) это над статьей и под ней. Еще хорошо вверху боковой колонки. Если боковая колонка будет слева, а не справа, CTR будет еще выше.
А теперь самое лучшее решение. Если есть трафик, то наилучшее расположении блоков нужно определять практически конкретно для вашего сайта и отдельно для разных типов страниц - для категорий, для статей и т.д. Если трафика мало, то лучше повременить с рекламой и отложить ее размещение на какое-то время.