Чистка ubuntu

[baby-all-pro]

Следующий файл показался мне подозрительно лишним /var/lib/mysql/ibdata1

А также файлы в следующих папках
/var/lib/apt/lists
/var/cache

Что они делают и можно ли их как-то почистить?

[Haosame]

/var/lib/mysql/ibdata1 - это системная таблица, содержащая данные по InnoDB инфраструктуре.
/var/lib/apt/lists - это, кажется, что-то связанное с репозиториями для убунты
/var/cache - собственно, кеш машины.

Если у вас нет навыков администрирования серверов, не выходите за пределы каталога /var/www/ваши-сайты, и тем более ничего за его пределами не удаляйте и не трогайте. Тогда сервер прослужит долго, и будет радовать вас своей бесперебойной работой.